Σκοποί του ΤΕΚΕ είναι:
α) η καταβολή αποζημίωσης στους καταθέτες των πιστωτικών ιδρυμάτων τα οποία ευρίσκονται σε αδυναμία να εκπληρώσουν τις προς αυτούς υποχρεώσεις τους
β) η καταβολή αποζημίωσης στους επενδυτές − πελάτες των πιστωτικών ιδρυμάτων τα οποία ευρίσκονται σε αδυναμία να εκπληρώσουν τις προς αυτούς υποχρεώσεις τους
γ) η χρηματοδότηση της εξυγίανσης των πιστωτικών ιδρυμάτων

Το ΤΕΚΕ διαχωρίζεται σε τρία Σκέλη:

• για την κάλυψη των καταθετών («Σκέλος Κάλυψης Καταθέσεων, ΣΚΚ»),
• για την κάλυψη των επενδυτών («Σκέλος Κάλυψης Επενδύσεων, ΣΚΕ»),
• και για τη χρηματοδότηση των μέτρων εξυγίανσης («Σκέλος Εξυγίανσης, ΣΕ»).

Καθένα από τα τρία Σκέλη (ΣΚΚ, ΣΚΕ και το ΣΕ) είναι σαφώς διακριτά μεταξύ τους και διαθέτουν αυτοτελή κεφάλαια κάθε ένα εκ των οποίων χρησιμοποιείται αποκλειστικά για την εκπλήρωση των σκοπών του.